二重決済にはなっておりません。

dポイントを利用して決済した場合、決済のご利用履歴、およびdポイントのご利用履歴両方に決済額が表示されますが、

dポイント利用分の決済額のみ差し引かれております。

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参考：外部サイトへ遷移します

ご利用履歴に決済とdポイントの履歴が両方とも表示されていました。 二重で決済されているのでしょうか。